2004 wurde das gesamte Kroatische Meeresgebiet zu einem ökologischen Schutzgebiet und einer kontrollierten Fischfangzone erklärt. Dies ist vor Allem darin begründet, dass die empfindliche Meeresfauna und de Vegetation dringend Schutz bedürfen. Fast 37 Prozent der Gesamtfläche des Landes sind mit Wäldern bedeckt. In der Hauptsache handelt es sich bei diesen Wäldern um Mischwälder, die sehr naturbelassen sind.
81 Prozent dieser Wälder sind Besitz des Staates, während sich der kleine Rest in privatem Besitz befindet. Die meisten Wälder in Kroatien sind Laubwälder, eine wesentlich geringerer Anteil sind Nadelwälder. Die Nadelwälder befinden sich vor Allem In den Gebirgsregionen, während in den Tiefebenen hauptsächlich Laubwald zu finden ist. Auch mediterrane Hartlaubgehölze wie beispielsweise Pinien finden sich in Kroatien, wobei diese hauptsächlich entlang der Küste gedeihen.
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Vor allem wegen der langen und heißen Sommermonate aber auch wegen dem teilweise sehr unvorsichtigen Verhalten der Einheimischen und der Touristen kommt es immer wieder zu Großbränden, bei denen nicht nur ein großer Teil des Waldbestandes verloren geht sondern auch häufig das Leben von Menschen in Gefahr gerät. Aus diesem Grund investiert die Regierung jedes Jahr viel Geld in Maßnahmen zum Brandschutz.
Auch zahlreiche Tierarten sind in Kroatien zuhause, so zum Beispiel einige große Raubtiere wie Braunbären, aber auch Wölfe, Goldschakale und Luchse. Meist trifft man diese Tierarten in den gebirgigen Regionen des Landes an, wo zuhause sind, auch wenn es vereinzelte Tiere gibt, die auch in anderen Regionen des Landes leben. Selbstverständlich leben in Kroatien auch einige Greifvögel. Zu diesen gehören beispielsweise Gänsegeier, aber auch Steinadler und Schlangenadler.
In den Feuchtgebieten Kroatiens leben zudem einige große Vogelarten wie Silcher, aber auch viele verschiedene Reiherarten. Reptilien wie Schildkröten, Eidechsen, Geckos und Schlangen trifft man vor allem in den Küstengebieten des Landes an, wo diese Tiere ihren Lebensraum haben. Schildkröten gibt e in Kroatien nicht nur sehr zahlreich sondern vor allem auch in die verschiedensten Arten. So sind hier nicht nur Land- und Wasserschildkröten sondern auch Sumpfschildkröten heimisch. Die Schlangen in Kroatien sind meist Nattern und Ottern, die für den Menschen im Großen und Ganzen keine wirkliche Bedrohung darstellen, auch wenn man einen Biss nicht herausfordern sollte, da er schmerzhaft sein kann, wenn auch keine Lebensgefahr besteht. In den zahlreichen unterirdischen Höhlen, die man in den verkarsteten Gebieten Kroatiens findet trifft man häufig auf Grottenolme, die sich hier sehr wohl fühlen und dementsprechend zahlreich auch vorkommen.
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